Для перехода на версию 2.0 необходимо местному МИАЦу/Минздраву заполнить шаблон для всего региона и выслать нам на почту.
Графы логин/пароль заполнять не нужно.
В последней графе указать (растянуть для всех учреждений): 
0 - 1 пользователь на весь регион который будет осуществлять загрузку для каждого учреждения (доступна массовая загрузка файлов).
1 - каждое учреждения будет загружать самостоятельно.
Соответственно если вы указываете 0, то в графе отвественный должен быть один и тот же для всех учреждений, если 1 - то для каждого учреждения свой.